Zur Geschichte der Gedenkstätte hat Bertrand Perz eine umfangreiche und sehr lesenswerte Monographie verfasst. Die folgenden Ausführungen basieren vor allem auf seinen Erkenntnissen. Darüber hinaus wurde auf die Veröffentlichungen des Bundesministeriums für Inneres der Republik Österreich zur Neugestaltung der Gedenkstätte zurückgegriffen.
Die im KZ Mauthausen (KZM) gefangen gehaltenen Menschen wurden am 5. Mai 1945 von einer Panzerdivision der US-Army befreit. Die Veränderungen der baulichen Überreste des ehemaligen Lagers vollzogen sich in drei Phasen und fanden erst im Jahr 1970 ihr Ende. Nur in wenigen Fällen wurden Rekonstruktionen und Instandsetzungsmaßnahmen durchgeführt. Die meisten Zeugnisse wurden im Laufe der Zeit demontiert, abgerissen und/oder verkauft. Die erste Phase umfasste das Ende des Krieges, die Befreiung und Auflösung des Lagers. Hierbei wird zwischen der Phase der „pragmatischen Nutzung“ (BMI: Neu gestalten, 2009) und dem unmittelbaren Kriegsende unterschieden. Die von den Amerikanern durchgeführten Maßnahmen waren infolge der im KZM verübten Verbrechen notwendig und stehen damit in unmittelbarem Zusammenhang mit den Verbrechen. Als auf das Lager und die Verbrechen bezogene Maßnahmen sind sie von einem Umgang mit dem Lager zu unterscheiden. Für die Amerikaner stellte sich das Lager bei ihrer Ankunft als Tatort und menschliche Katastrophe dar. Ihre Maßnahmen waren dementsprechend neben der Dokumentation der Verbrechen zum Zwecke der Aufklärung und zur späteren juristischen Verfolgung der Täter vorrangig humanitär. Sie sorgten einerseits für die Repatriierung Reisefähiger, andererseits wurden die Verhältnisse im Lager und der Umgebung so hergerichtet, dass die noch nicht zu repatriierenden ehemaligen Häftlinge genesen konnten. (Perz, Bertrand: Die KZ-Gedenkstätte Mauthausen 1945 bis zur Gegenwart. Innsbruck [u.a.] 2006, S. 33.) Um der vom sogenannten ‚Sanitätslager‘ ausgehenden Seuchengefahr zu begegnen, wurden dessen Baracken abgebrannt und dort, wie auch auf dem nahegelegenen SS-Sportplatz, Leichen begraben, die nicht mehr bestattet worden waren oder an den Folgen der Haft starben. Zur Kennzeichnung stellte man, gleich einem US-amerikanischen Soldatenfriedhof, weiße Kreuze auf die Grabstätten. Durch Exhumierungen wurde 1955/56 dieses und in den 1960er und 1970er Jahren andere, auf Befehl der Nazis ausgehobene Massengräber aufgelöst und im Quarantänelager zentralisiert (Perz 2006, S. 166). Ein disponibler Teil des Lagers wurde von ehemaligen Häftlingen in die Heimatländer mitgenommen. Sie waren Asservate für Prozesse, Relikte für Ausstellungen oder Ware zur Entschädigung der Haft. Im Sommer 1945 wechselte im Zuge der Festlegung der Besatzungsgrenzen die Verantwortung für das Lager in die Hände der sowjetischen Zonenverwaltung, die es von August bis März 1946 als Soldatenunterkunft nutzte. Hiermit begann die sogenannte pragmatische Phase. Nach Abzug der sowjetischen Soldaten kam es bis zur Übergabe des Lagers aufgrund von Plünderungen der umliegenden Bevölkerung und Demontagen der sowjetischen Verwaltung zu Konflikten zwischen den Verwaltungseinheiten (Perz 2006, S. 52). Bereits in dieser Zeit nahmen sowohl die Gemeinde Mauthausen als auch die sowjetische Verwaltung Verkäufe von Baracken vor (Perz 2006, S. 51). Auch in den Jahren nach der Übergabe des nutzlos gewordenen Lagers ‚nutzten‘ die Menschen der Umgebung die Materialien für eigene Zwecke. Wurden im Mai 1946 seitens des Landesverbandes ehemals politisch Verfolgter erstmals Forderungen zur Errichtung einer Gedenkstätte erhoben, so waren diese in der Übergabevereinbarung festgelegt, die am 20. Juni 1947 in Kraft trat, als das ehemalige KZM in die Verantwortung Österreichs gelegt wurde. Der nunmehr zur Debatte stehende Erhalt der baulichen Überreste zum Zwecke der Errichtung einer Gedenkstätte war in dieser dritten Phase vor allem eine finanzielle Frage. So wurden im Laufe der Jahre nahezu alle Baracken des ehemaligen KZM verkauft. Auch der vollständige Abriss der baulichen Überreste und die Errichtung eines weithin sichtbaren Kreuzes an der Stelle, wo heute ein Sarkophag steht, wurden bis zur Eröffnung im Mai 1949 immer dann erwogen, wenn es darum ging, Gelder zur Renovierung und Instandhaltung bereitzustellen. Begleitet waren diese Diskussionen von Deutungskämpfen zur Darstellbarkeit der im KZM verübten Verbrechen und des dort erlittenen Leides (Perz 2006, S. 73f.). Dass die Gedenkstätte letztlich im Rahmen einiger privilegierter baulicher Überreste gestaltet und erhalten wurde, begründet B. Perz einerseits mit den im Verhältnis zu einem Abriss niedrigeren Kosten und andererseits mit den Verpflichtungen gegenüber der UdSSR (Perz 2006, S. 103). Wesentlichen Einfluss auf die Entscheidung, was erhalten und was verkauft werden sollte, hatte die Festlegung ihrer Grenzen, die im Vorfeld der Eröffnung der Gedenkstätte abgesprochen wurde. Gehörten mit der Eröffnung am 2. Mai 1949 nur das Schutzhaftlager, das Sanitätslager, der Lagerbereich der SS zwischen Steinbruch und Häftlingslager sowie die Todesstiege zum Areal, nicht jedoch der Wiener Graben, so wurde die Gedenkstätte in den Jahren bis heute stetig erweitert. Einen Überblick über das Lager findet sich auf www.mauthausen-memorial.at. Anfang 1950 wurde der Weg von der Todesstiege zum Lager als Bestandteil ergänzt (Perz 2006, S. 101) und im August 1957 wurde der Steinbruch ‚Wiener Graben‘ nach Klärung seiner negativen Wirtschaftlichkeit ebenfalls in die Gedenkstätte integriert (Perz 2006, S. 168).
Zentraler Überrest und Ikone für das ehemalige KZ Mauthausen ist die Vorderansicht, die es gleich einer Festung präsentiert. Es ist gerade jene Ansicht, die Mauthausen auf den ersten Blick als ein Denkmal wahrnehmen lässt. Geprägt ist sie durch die erhöhte Lage des ehemaligen KZ. Läuft man aus der Ortschaft Mauthausen kommend die Erinnerungsstraße herauf, so tut sich das ehemalige KZ langsam auf. Wie eine Festung zeigen sich zwei Mauern, die dort, wo sie ein Stück parallel verlaufen, den Garagenhof der SS bilden. Verbunden sind sie durch zwei hintereinander stehende Wachtürme, die die Einfahrt in den Garagenhof der SS überwachten. Während eine der Mauern nordwestlich weitergeht, zieht sich die hintere Richtung Südwesten. Einzig vor den Mauern erhalten sind der Löschteich unmittelbar neben der Straße sowie der etwas abschüssig dahinter liegende, in seinen Umrissen noch erkennbare Sport- und Exerzierplatz der SS. Vom Ende des Garagenhofs führt eine Treppe herauf vor das Haupttor des Häftlingslagers, das auch nordwestlich an der Gedenkstätte vorbei, entsprechend des Weges der Häftlinge durch die nicht erhaltenen SS-Wachunterkünfte, über den heutigen Denkmalbezirk erreichbar ist. Sein Eingang ist, wie der des Garagenhofes, durch zwei gleich hohe Wachtürme umgeben. In einer Linie weiter Richtung Nordosten steht ein weiterer Wachturm, von dem aus der hintere Teil des Häftlingslagers überwacht wurde. Im ehemaligen Lager II finden sich dann erneut zwei Wachtürme. Wieder in der Vorderansicht erhebt sich hinter den Mauern das Kommandanturgebäude. Die in Richtung Nordwest verlaufende Mauer grenzt den Bereich der SS aus der Blickrichtung von vorn ab. Hinter der nach Nordost verlaufenden Mauer kommen, höher gelegen, die noch erhaltene Wäschereibaracke, das Lagergefängnis, die Küchenbaracke und das Krankenrevier zum Vorschein. Im hinteren Teil des Lagergefängnisses befinden sich die bis 1949 rekonstruierte Gaskammer sowie das Krematorium, die die Nazis Ende April 1945 zur Spurenbeseitigung demontiert hatten. In U-Form umschließt die Mauer das Schutzhaftlager an der nordwestlichen und südöstlichen Seite und grenzt im Nordwesten das Häftlingslager vom nicht mehr vorhandenen Bereich der SS ab. Weiterhin trennt sie es im Südosten, am Ende des Schutzhaftlagers, vom ebenfalls geschliffenen Lager III ab. Im Schutzhaftlager selbst stehen parallel zu den genannten Baracken, getrennt durch die Appellstraße, auf die man durch das Haupttor kommt, noch die Baracken 1, 6 und 11. Hinter der Baracke 11, der letzten Baracke auf dieser Seite, befindet sich das Lager II, das innerhalb der durch kleinere, ebenfalls erhaltene Mauern unterteilt ist. Hier befinden sich keine Gebäude mehr.
Heute werden vormals ausgegliederte Bereiche wieder Bestandteil der Gedenkstätte, sei es durch Rückkäufe von zuvor an die ursprünglichen Besitzer gegebenem Land, durch digitale Medien wie Audiotouren und Filme oder durch in der Umgestaltung befindliche Kommentierungen. Das Lager III sowie die Aschehalde, die im Mai 1948 aufgrund von Besitzverhältnissen nicht in die Gedenkstätte übernommen werden konnten, wurden 2008 zurückgekauft und können nun wieder in die Konzeption aufgenommen werden. Auch wenn die Siedlungen der SS in der Ortschaft Mauthausen hingegen nie zur Gedenkstätte gezählt wurden, so sind sie doch Teil des ehemaligen KZ.